Le conseil d’administration est l’organe d’orientation et de décision du Fonds. A ce titre, il adopte le budget de même que les rapports d’activités et les états financiers du Fonds. Il approuve le manuel de procédures et le plan de recrutement de même que les conventions passées par le Fonds avec les tiers. Le conseil d’administration, nommé par le conseil de surveillance, est composé de onze (11) membres :
- Un représentant du ministre chargé du développement à la base, président
- Un représentant du ministre chargé des finances, vice-président ;
- Un représentant du ministre chargé de l’action sociale, membre ;
- Un représentant du ministre chargé de l’agriculture, membre.
- Un représentant l’association professionnelle des institutions de microfinance, membre (APIM) ;
- Un représentant de la Banque centrale des Etats de l’Afrique de l’ouest (BCEAO) ;
- Un représentant de l’Association professionnelle des banques et établissements financiers (APBEF), membre ;
- Trois (3) représentants des bénéficiaires, membre.
- Un représentant des bailleurs, membre